首先，精子活力下降
抗血清加入活动精子后，由于凝集素、制动因子和精子细胞毒抗体的作用，精子会凝集或失去运动能力，高滴度抗体可使精子死亡或失去受精能力。
第二，受精障碍
与精子结合的抗体可以覆盖顶体反应的起始位点，降低膜活性，阻止顶体反应。还能干扰精卵融合，抗精子抗体患者血清可导致卵子穿透率下降。
第三，巨噬细胞的吞噬功能亢进
睾丸乳剂免疫动物腹腔注射精子时，巨噬细胞对精子的吞噬作用明显高于未免疫动物。这种现象在性器官中也是一样的。
第四，受精卵着床障碍
即使精卵结合后建立了受精，受精卵在发育过程中仍然会死亡，因为它仍然携带精子抗原。
第五，睾丸生精功能受损
精子免疫引起的自身免疫反应首先影响睾丸的生精功能。男性不育患者通常无精子症、严重少精子症和/或精子形态异常。
因为血液中的抗精子抗体会迁移到宫颈粘液中，如果有足够的补体，一旦与上行精子结合，精子不会被女性不孕者受精，但输卵管壶腹不会受精。如果男性精液中存在自身免疫性抗精子抗体，精子表面抗原首先与抗体结合，使抗体的Fc端与CM糖蛋白结合，精子通过也受到阻碍。